臧敬五博士不但是一个优秀的海归科学家也是一个优秀的科研管理者，回国后进入上海第二医学院（现上海交大医学院）及中国科学院，长期在上海工作，曾担任上海市免疫学研究所所长，上海交大医学院基础医学院院长，上海交大医学院医学科学院院长，创建了中科院健康科学研究所和上海巴斯德研究所，并任两家研究所的首任所长。在此期间，臧敬五充分发挥了其在美国及欧洲的基础研究及临床应用的管理经验，结合当时国内转化医学研究相对薄弱，基础科学和临床研究脱节的现状，在科研体制创新，特别是转化医学方面做了开拓性的工作。臧敬五创建的健康科学研究所及中科院巴斯德研究所一直是基于转化医学的科研体制创新的典范。臧敬五作为外籍海归科学家曾两次获得上海市政府颁发的“白玉兰奖”（金奖一次，银奖一次）。